テストデータ（３） アミノ酸 コドン表

m-RNAからアミノ酸へのコドン表
　

bases = "UCAG"
codons = [b1+b2+b3 for b1 in bases for b2 in bases for b3 in bases]
aminoacids = "FFLLSSSSYY**CC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG"
codon_dict = dict(zip(codons, aminoacids))
print(codon_dict)

#sort to display   
s = sorted([(k, v) for k,v in codon_dict.items()], key=lambda x:codons.index(x[0]))
for i, ele in enumerate(s):
    print("'{}':'{}', ".format(ele[0], ele[1]), "\n"*(i%4 == 3), end="")

　
コドン表

codon_dict={
'UUU':'F',  'UUC':'F',  'UUA':'L',  'UUG':'L',  
'UCU':'S',  'UCC':'S',  'UCA':'S',  'UCG':'S',  
'UAU':'Y',  'UAC':'Y',  'UAA':'*',  'UAG':'*',  
'UGU':'C',  'UGC':'C',  'UGA':'*',  'UGG':'W',  
'CUU':'L',  'CUC':'L',  'CUA':'L',  'CUG':'L',  
'CCU':'P',  'CCC':'P',  'CCA':'P',  'CCG':'P',  
'CAU':'H',  'CAC':'H',  'CAA':'Q',  'CAG':'Q',  
'CGU':'R',  'CGC':'R',  'CGA':'R',  'CGG':'R',  
'AUU':'I',  'AUC':'I',  'AUA':'I',  'AUG':'M',  
'ACU':'T',  'ACC':'T',  'ACA':'T',  'ACG':'T',  
'AAU':'N',  'AAC':'N',  'AAA':'K',  'AAG':'K',  
'AGU':'S',  'AGC':'S',  'AGA':'R',  'AGG':'R',  
'GUU':'V',  'GUC':'V',  'GUA':'V',  'GUG':'V',  
'GCU':'A',  'GCC':'A',  'GCA':'A',  'GCG':'A',  
'GAU':'D',  'GAC':'D',  'GAA':'E',  'GAG':'E',  
'GGU':'G',  'GGC':'G',  'GGA':'G',  'GGG':'G'}

1 letter	3 letters	英語名	日本語名
A	Ala	Alanine	アラニン
C	Cys	Cysteine	システイン
D	Asp	Aspartic Acid	アスパラギン酸
E	Glu	Glutamic Acid	グルタミン酸
F	Phe	Phenylalanine	フェニルアラニン
G	Gly	Glycine	グリシン
H	His	Histidine	ヒスチジン
I	Ile	Isoleucine	イソロイシン
K	Lys	Lysine	リジン
L	Leu	Leucine	ロイシン
M	Met	Methionine	メチオニン
N	Asn	Asparagine	アスパラギン
P	Pro	Proline	プロリン
Q	Gln	Glutamine	グルタミン
R	Arg	Arginine	アルギニン
S	Ser	Serine	セリン
T	Thr	Threonine	スレオニン
V	Val	Valine	バリン
W	Trp	Tryptophan	トリプトファン
Y	Tyr	Tyrosine	チロシン

　
・開始コドン
　AUGはメチオニンを指定するが、同時に開始コドンにもなっている、
　タンパク質合成が完了すると最初のメチオニンは切り離される。
　
・終止コドン
　UAA, UAG, UGA
　
・タンパク質合成
　DNA→(転写)→m-RNA前駆体→(スプライシング)→m-RNA→(翻訳)→タンパク質

参考：
Pythonで辞書の初期値をまとめて登録する方法 | Nana-Korobi