テストデータ(3) アミノ酸 コドン表
bases = "UCAG" codons = [b1+b2+b3 for b1 in bases for b2 in bases for b3 in bases] aminoacids = "FFLLSSSSYY**CC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG" codon_dict = dict(zip(codons, aminoacids)) print(codon_dict) #sort to display s = sorted([(k, v) for k,v in codon_dict.items()], key=lambda x:codons.index(x[0])) for i, ele in enumerate(s): print("'{}':'{}', ".format(ele[0], ele[1]), "\n"*(i%4 == 3), end="")
コドン表
codon_dict={ 'UUU':'F', 'UUC':'F', 'UUA':'L', 'UUG':'L', 'UCU':'S', 'UCC':'S', 'UCA':'S', 'UCG':'S', 'UAU':'Y', 'UAC':'Y', 'UAA':'*', 'UAG':'*', 'UGU':'C', 'UGC':'C', 'UGA':'*', 'UGG':'W', 'CUU':'L', 'CUC':'L', 'CUA':'L', 'CUG':'L', 'CCU':'P', 'CCC':'P', 'CCA':'P', 'CCG':'P', 'CAU':'H', 'CAC':'H', 'CAA':'Q', 'CAG':'Q', 'CGU':'R', 'CGC':'R', 'CGA':'R', 'CGG':'R', 'AUU':'I', 'AUC':'I', 'AUA':'I', 'AUG':'M', 'ACU':'T', 'ACC':'T', 'ACA':'T', 'ACG':'T', 'AAU':'N', 'AAC':'N', 'AAA':'K', 'AAG':'K', 'AGU':'S', 'AGC':'S', 'AGA':'R', 'AGG':'R', 'GUU':'V', 'GUC':'V', 'GUA':'V', 'GUG':'V', 'GCU':'A', 'GCC':'A', 'GCA':'A', 'GCG':'A', 'GAU':'D', 'GAC':'D', 'GAA':'E', 'GAG':'E', 'GGU':'G', 'GGC':'G', 'GGA':'G', 'GGG':'G'}
1 letter | 3 letters | 英語名 | 日本語名 |
A | Ala | Alanine | アラニン |
C | Cys | Cysteine | システイン |
D | Asp | Aspartic Acid | アスパラギン酸 |
E | Glu | Glutamic Acid | グルタミン酸 |
F | Phe | Phenylalanine | フェニルアラニン |
G | Gly | Glycine | グリシン |
H | His | Histidine | ヒスチジン |
I | Ile | Isoleucine | イソロイシン |
K | Lys | Lysine | リジン |
L | Leu | Leucine | ロイシン |
M | Met | Methionine | メチオニン |
N | Asn | Asparagine | アスパラギン |
P | Pro | Proline | プロリン |
Q | Gln | Glutamine | グルタミン |
R | Arg | Arginine | アルギニン |
S | Ser | Serine | セリン |
T | Thr | Threonine | スレオニン |
V | Val | Valine | バリン |
W | Trp | Tryptophan | トリプトファン |
Y | Tyr | Tyrosine | チロシン |
・開始コドン
AUGはメチオニンを指定するが、同時に開始コドンにもなっている、
タンパク質合成が完了すると最初のメチオニンは切り離される。
・終止コドン
UAA, UAG, UGA
・タンパク質合成
DNA→(転写)→m-RNA前駆体→(スプライシング)→m-RNA→(翻訳)→タンパク質